Existem condições de elegibilidade dos projectos e das despesas.
Ao nível dos projectos, para que sejam passíveis de ser apoiados por fundos provenientes do JHFP, devem:
 - Fazer parte de um plano de desenvolvimento integrado de desenvolvimento sustentável;
 
 - Ter rentabilidade;
 
 - Ter capacidade para utilizar os recursos investidos até 31-12-2015, no caso de projetos financiados pela dotação inicial do JHFP. No caso de projetos financiados pela reutilização de verbas, esta condição não se aplica.
 
Ao nível das despesas efectuadas, devem:
 - Respeitar os critérios de elegibilidade FEDER específicos para cada eixo de onde provém o financiamento, para a componente co-financiada por estas verbas.